近畿オープンゴルフ選手権は、予選会のスクラッチ集計によって本戦参加者を決定します。

ファースト・セカンドステージ1次予選の一般予選会・シニア予選会・レディス予選会の1位は2016年11月1日(火)・2日(水)に開催される近畿オープンゴルフ選手権本戦に出場していただきます。 (レディス予選会の上位3名は2016年度全日本サンスポ女子アマゴルフ選手権決勝大会へシードされます)

一般予選会・シニア予選会の30位タイまで（参加人数が50名未満の場合は参加者人数の上位1/2タイまでとします。）、レディス予選会の5位タイまでは、2次予選会に参加できます。
2次予選会はファーストステージ2016年7月13日(水)、セカンドステージ2016年10月12日(水)・13日(木)におこなわれます。
2次予選の結果でファーストステージからは7名(予定)を本戦にシード、セカンドステージは2日間合計10名(予定)が、近畿オープンゴルフ選手権本戦にシードされます。